در يكي از روزهاي ارديبهشت سال 1267 ق. در خانه سيد اسدالله، عالم بزرگ شهر، نو رسيده‎اي پاي در حيات نهاد كه نام او را محمدتقي گزاردند. سلسله نسب او چنين بود: سيد محمدتقي خوانساري فرزند علامه سيد اسدالله و او فرزند دانشمند محقق سيد حسين و او فرزند عالم بزرگوار سيد ابوالقاسم، فرزند دانشمند گرانمايه علامه سيد حسين و او فرزند عالم فرزانه حاج ميرزا ابوالقاسم ....

 

و در پايان سلسله نيز سرچشمه دانش و عصمت امام موسي بن جعفر ـ عليه السلام ـ قرار داشت.حوزه خوانسار كه در آن زمان به بركت پدران سيد محمدتقي و ديگر فرزانه‎هاي علمي‎اش رونقي داشت، دومين جايي بود كه سيد محمدتقي در دامنش استواري يافت و قامت راست كرد. سرعت فراگيري سيد محمدتقي چنان بود كه به هفده سالگي نرسيده، ادبيات عرب و ديگر پايه‎هاي مقدماتي علوم اسلامي را فرا گرفت. او در همين مدت قسمتهايي هم از فقه و اصول دوره سطح را خواند.خوانساري جوان پس از مشورتهايي كه با پدر كرد براي تكميل اندوخته‎ها رهسپار حوزه دير پاي نجف شد. هجرت به نجف بر شتاب حركت او افزود. او در نجف پس از تكميل درسهاي ناتمام، در درس محققان بزرگ اين رشته‎ها حاضر شد تا جوانه‎هاي اجتهاد كه از توانايي در تحقيق ريشه مي‎گيرد در او برويند. خوانساري جوان چهار سال در درس فقيه و محقق بزرگ اصولي آية الله آخوند خراساني شركت كرد. در كنار اين آدرس به درس فقيه بر جسته آية الله سيد محمدكاظم طباطبايي يزدي هم حاضر گشت. بعد از ارتحال اين دو او از درسهاي اصول آية الله نائيني، آية الله آقا ضياء عراقي و از درس فقه آية الله در گرفتن اجتهادنامه خود از اساتيدش كوششي نكرد. امام آقا ضياء عراقي – كه بارها مقام اين شاگردش را ارج نهاده و گفته بود «و حفظ مقام و نگهداري شؤونات آقاي خوانساري را مانند علماي متأخر بر خود فرض مي‎دانم» هنگامي كه از بعدها به ايران بازگشته بود، اجتهادنامة وي را از نجف برايش فرستاد. افزون بر اين آقاي خوانساري از اين استاد خود اجاره روايي نيز يافته بود.

يكي از حوادث مهم كه از آثار شهودي آقاي خوانساري از نگاه ديني، نماز باراني است كه او آن را اقامه نمود تا تجلي دعا و نماز را در زندگي به گونه‎اي ملموس آشكار كند. در شهريور 1320 كه متفقين در ايران به طور انبوه حضور يافتند. در آن موقع موجي از قحطي و نابساماني در كشور به راه افتاد. قسمتي از سپاه متفقين در منطقه خاكفرج قم استقرار يافت و بعد از مدتي كنترل شهر در دست آنان قرار گرفت. اشغال هنوز اادامه داشت كه زمينهاي مساعد و وسيع شهر قم – كه به صورت ديم كشت مي‎شد – با گذشت دو ماه بهاري از سال 1323 هنوز تشنه بودند. با بروز اين خشكسالي موقعيت غذايي مردم بحراني شد. اهالي قم، چاره در خواندن نماز باران ديدند. آنان به جستجوي امامي برآمدند تا آنها را به ساحل اجابت رساند و با خلوص و صفايش خواستن را معني بخشد. مردم راهي خانه‎هاي آقايان صدر، حجت و خوانساري شدند. آقايان صدر و حجت در پاسخ مردم گفتند اگر شما وظيفه‎هاي شرعي خود را بجا آوريد، آسمان و زمين دستهايشان بر شما گشوده خواهد بود. اما آقاي خوانساري نتوانست جواب نه بگويد و مردم هم گمان بردند او موافق با خواندن نماز باران است. به همين علت اطلاعيه‎هايي در سطح شهر نصب گرديد كه آقاي خوانساري در روز جمعه نماز استسقا خواهد خواند. گروهي ايشان را از پايان بدكار بيم دادند اما او گفت حالا كه چنين شده، خواندن اين نماز بر من تكليفي است و هر چه صلاح باشد همان واقع خواهد شد. با نزديك شدن لحظه موعود بهائيان شهر، متفقين را به انگيزه‎هاي اين حركت بدبين نمودند تا جايي كه اين نيروها در پوششي دفاعي رفتند. در روز موعود، جمعيت از گوشه و كنار شهر روانه شدند تا به صحراي خاكفرج كه در نيم كيلومتري شهر قرار داشت و مصلاي آن محسوب مي‎شد بروند. آية الله خوانساري هم با طمأنينه و آرامش مخصوص و در حالي كه پاها را برهنه كرده و تحت الحنك انداخته بود با عده‎اي از همراهان به سمت آن نقطه حركت نمودند. جمعيت افزون بر بيست هزار نفر بود و 3/2 ساكنان شهر را در بر مي‎گرفت. با عبور آرام مردم از كنار پادگان، شائبه‎هاي ترديد زدوده شد و توطئه بهائيان بي‎اثر ماند. آن روز نماز خوانده شد اما اثري از اجابت ديده نشد. آية الله خوانساري كه بارها عطوفت و مهرباني پايان ناپذير خدا را با همه وجود خود درك كرده بود، بخوبي مي‎دانست كه خواستن را با اصرار معنا بخشد. چه آنكه اگر خواهش باشد اجابت حتمي است. او بعد از پايان درس و بحث از شاگردانش خواست كه تا همپاي او باز به كوي خواهش روند و نماز باراني ديگر بخوانند. اين بار نماز در باغهاي پشت قبرستان نو بپا گشت. غروب يكشنبه فرا رسيد و آسمان بي‎تكه ابري سرخ گونگي خورشيد را به نظاره نشست. گزارش هواشناسان غربي كه در پادگان خاكفرج بودند گوياي اين بود كه بارشي روي نخواهد داد.